フコイダンの最大の効能は、病気に抵抗する力である免疫力を助ける働きです。加齢、活性酸素、ストレスなどの要因で、体内の免疫力は低下して、ウイルスなどが侵入すると病気になってしまいます。フコイダンは、細菌に感染した細胞を死滅させる働きを持つNK(ナチュラルキラー）細胞の活性を高める作用を持っています。さらに、血液中のコレステロールや中性脂肪を抑える働きもあります。
また、胃の粘膜を保護し、ピロリ菌などを吸着して体外に排出する効能もあります。